Ohran RFLP-kartoitus

Translated title of the contribution: RFLP mapping in barley (Hordeum vulgare)

Riitta Hannus, Jussi Tammisola, Veli Kauppinen

Research output: Book/ReportReportProfessional

Abstract

Sopivien geneettisten markkerien puute on vaikeuttanut tärkeiden viljelykasvien geneettistä kartoitusta. Molekyylibiologia on kuitenkin viime vuosina kehittänyt menetelmiä, joilla voidaan tuottaa uusia geneettisiä markkereita. Saman lajin eri yksilöiden genominen DNA voidaan pilkkoa restriktioendonukleaaseilla, ja erottaa syntyneet fragmentit kokoonsa perustuen agaroosigeelillä elektrofo reettisesti. Näin erotetuissa genomisissa DNA-fragmenteissa voidaan havaita pituuseroja eri kasviyksilöiden välillä. Tätä muuntelua kutsutaan restriktiofragmentin pituusmuunteluksi, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). Pituusmuuntelun syynä ovat mutaatiot (yhden emäksen mutaatiot, insertiot tai deleetiot), jotka vaikuttavat restriktioendonukleaasien tunnistussekvensseihin tai niiden etäisyyksiin toisistaan. Koska nämä mutaatiot ovat periytyviä, niitä voidaan käyttää geneettisinä markkereina. RFLP-menetelmiä käytetään sekä tutkimuksen että kasvinjalostuksen apuna. RFLP-markkerit avaavat monia mahdollisuuksia erilaisten genotyyppien ja yksittäisten kromosomien selvittämiseksi. Useissa sovelluksissa hyödynnetään RFLP-markkerien perusteella laadittuja geneettisiä kytkentäkarttoja. Kytkentäkarttojen avulla voidaan aikaisempaa nopeammin ja tehokkaammin valikoida haluttuja geenejä perustuen niiden tiukkaan kytkeytymiseen helposti havaittaviin RFLP-markkereihin. RFLP-menetelmiä voidaan lisäksi käyttää kasvilajikkeiden identifiointiin, taloudellisesti merkittävien ominaisuuksien geneettiseen analysointiin ja jalostusohjelmien kehittämiseen. Tulevaisuudessa RFLP-menetelmiä voidaan käyttää myös sellaisten geenien löytämiseen ja kloonaukseen, joiden tuotetta ei tunneta. Tänä päivänä RFLP-kytkentäkarttoja konstruoidaan monista tärkeistä viljelykasveista. Ohran kartoituksesta on pääasiallisesti vastannut kolme tutkimusryhmää, kaksi Yhdysvalloissa ja yksi Saksassa. Näiden ryhmien toimesta on vuonna 1991 myös ilmestynyt kaksi ohran RFLP-markkereihin perustuvaa kytkentäkarttaa. Kaikkiaan tunnetaan jo noin 800 markkerin paikat ohran kromosomeissa. Näistä miltei kaikki ovat RFLP-markkereita. Tutkimusryhmät ovat sopineet, että kartoitetuista RFLP-koettimista kootaan vuoden 1992 aikana standardikoettimisto, joka olisi julkisesti käytettävissä tieteelliseen ja jalostukselliseen tutkimukseen. Pohjoismaista ainoastaan Tanskassa on tehty enemmälti ohran RFLP-kartoitusta. Ruotsi on aloittanut ohran kartoituksen yhteistyössä tanskalaisten kanssa. Myös Suomessa on hiljattain aloitettu ohran kartoitukseen liittyvä tutkimus.
Original languageFinnish
Place of PublicationEspoo
PublisherVTT Technical Research Centre of Finland
Number of pages28
ISBN (Print)951-38-4343-2
Publication statusPublished - 1993
MoE publication typeNot Eligible

Publication series

NameVTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes
PublisherVTT
No.1450
ISSN (Print)1235-0605
ISSN (Electronic)1455-0865

Fingerprint

Hordeum vulgare
restriction fragment length polymorphism
barley
Anadelphia
DNA

Keywords

  • plant genetics
  • markers
  • barley
  • breeding
  • mutations
  • mapping

Cite this

Hannus, R., Tammisola, J., & Kauppinen, V. (1993). Ohran RFLP-kartoitus. Espoo: VTT Technical Research Centre of Finland. VTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes, No. 1450
Hannus, Riitta ; Tammisola, Jussi ; Kauppinen, Veli. / Ohran RFLP-kartoitus. Espoo : VTT Technical Research Centre of Finland, 1993. 28 p. (VTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes; No. 1450).
@book{5d3d9e65b02c48cc88e7696f043ee0f8,
title = "Ohran RFLP-kartoitus",
abstract = "Sopivien geneettisten markkerien puute on vaikeuttanut t{\"a}rkeiden viljelykasvien geneettist{\"a} kartoitusta. Molekyylibiologia on kuitenkin viime vuosina kehitt{\"a}nyt menetelmi{\"a}, joilla voidaan tuottaa uusia geneettisi{\"a} markkereita. Saman lajin eri yksil{\"o}iden genominen DNA voidaan pilkkoa restriktioendonukleaaseilla, ja erottaa syntyneet fragmentit kokoonsa perustuen agaroosigeelill{\"a} elektrofo reettisesti. N{\"a}in erotetuissa genomisissa DNA-fragmenteissa voidaan havaita pituuseroja eri kasviyksil{\"o}iden v{\"a}lill{\"a}. T{\"a}t{\"a} muuntelua kutsutaan restriktiofragmentin pituusmuunteluksi, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). Pituusmuuntelun syyn{\"a} ovat mutaatiot (yhden em{\"a}ksen mutaatiot, insertiot tai deleetiot), jotka vaikuttavat restriktioendonukleaasien tunnistussekvensseihin tai niiden et{\"a}isyyksiin toisistaan. Koska n{\"a}m{\"a} mutaatiot ovat periytyvi{\"a}, niit{\"a} voidaan k{\"a}ytt{\"a}{\"a} geneettisin{\"a} markkereina. RFLP-menetelmi{\"a} k{\"a}ytet{\"a}{\"a}n sek{\"a} tutkimuksen ett{\"a} kasvinjalostuksen apuna. RFLP-markkerit avaavat monia mahdollisuuksia erilaisten genotyyppien ja yksitt{\"a}isten kromosomien selvitt{\"a}miseksi. Useissa sovelluksissa hy{\"o}dynnet{\"a}{\"a}n RFLP-markkerien perusteella laadittuja geneettisi{\"a} kytkent{\"a}karttoja. Kytkent{\"a}karttojen avulla voidaan aikaisempaa nopeammin ja tehokkaammin valikoida haluttuja geenej{\"a} perustuen niiden tiukkaan kytkeytymiseen helposti havaittaviin RFLP-markkereihin. RFLP-menetelmi{\"a} voidaan lis{\"a}ksi k{\"a}ytt{\"a}{\"a} kasvilajikkeiden identifiointiin, taloudellisesti merkitt{\"a}vien ominaisuuksien geneettiseen analysointiin ja jalostusohjelmien kehitt{\"a}miseen. Tulevaisuudessa RFLP-menetelmi{\"a} voidaan k{\"a}ytt{\"a}{\"a} my{\"o}s sellaisten geenien l{\"o}yt{\"a}miseen ja kloonaukseen, joiden tuotetta ei tunneta. T{\"a}n{\"a} p{\"a}iv{\"a}n{\"a} RFLP-kytkent{\"a}karttoja konstruoidaan monista t{\"a}rkeist{\"a} viljelykasveista. Ohran kartoituksesta on p{\"a}{\"a}asiallisesti vastannut kolme tutkimusryhm{\"a}{\"a}, kaksi Yhdysvalloissa ja yksi Saksassa. N{\"a}iden ryhmien toimesta on vuonna 1991 my{\"o}s ilmestynyt kaksi ohran RFLP-markkereihin perustuvaa kytkent{\"a}karttaa. Kaikkiaan tunnetaan jo noin 800 markkerin paikat ohran kromosomeissa. N{\"a}ist{\"a} miltei kaikki ovat RFLP-markkereita. Tutkimusryhm{\"a}t ovat sopineet, ett{\"a} kartoitetuista RFLP-koettimista kootaan vuoden 1992 aikana standardikoettimisto, joka olisi julkisesti k{\"a}ytett{\"a}viss{\"a} tieteelliseen ja jalostukselliseen tutkimukseen. Pohjoismaista ainoastaan Tanskassa on tehty enemm{\"a}lti ohran RFLP-kartoitusta. Ruotsi on aloittanut ohran kartoituksen yhteisty{\"o}ss{\"a} tanskalaisten kanssa. My{\"o}s Suomessa on hiljattain aloitettu ohran kartoitukseen liittyv{\"a} tutkimus.",
keywords = "plant genetics, markers, barley, breeding, mutations, mapping",
author = "Riitta Hannus and Jussi Tammisola and Veli Kauppinen",
year = "1993",
language = "Finnish",
isbn = "951-38-4343-2",
series = "VTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes",
publisher = "VTT Technical Research Centre of Finland",
number = "1450",
address = "Finland",

}

Hannus, R, Tammisola, J & Kauppinen, V 1993, Ohran RFLP-kartoitus. VTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes, no. 1450, VTT Technical Research Centre of Finland, Espoo.

Ohran RFLP-kartoitus. / Hannus, Riitta; Tammisola, Jussi; Kauppinen, Veli.

Espoo : VTT Technical Research Centre of Finland, 1993. 28 p. (VTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes; No. 1450).

Research output: Book/ReportReportProfessional

TY - BOOK

T1 - Ohran RFLP-kartoitus

AU - Hannus, Riitta

AU - Tammisola, Jussi

AU - Kauppinen, Veli

PY - 1993

Y1 - 1993

N2 - Sopivien geneettisten markkerien puute on vaikeuttanut tärkeiden viljelykasvien geneettistä kartoitusta. Molekyylibiologia on kuitenkin viime vuosina kehittänyt menetelmiä, joilla voidaan tuottaa uusia geneettisiä markkereita. Saman lajin eri yksilöiden genominen DNA voidaan pilkkoa restriktioendonukleaaseilla, ja erottaa syntyneet fragmentit kokoonsa perustuen agaroosigeelillä elektrofo reettisesti. Näin erotetuissa genomisissa DNA-fragmenteissa voidaan havaita pituuseroja eri kasviyksilöiden välillä. Tätä muuntelua kutsutaan restriktiofragmentin pituusmuunteluksi, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). Pituusmuuntelun syynä ovat mutaatiot (yhden emäksen mutaatiot, insertiot tai deleetiot), jotka vaikuttavat restriktioendonukleaasien tunnistussekvensseihin tai niiden etäisyyksiin toisistaan. Koska nämä mutaatiot ovat periytyviä, niitä voidaan käyttää geneettisinä markkereina. RFLP-menetelmiä käytetään sekä tutkimuksen että kasvinjalostuksen apuna. RFLP-markkerit avaavat monia mahdollisuuksia erilaisten genotyyppien ja yksittäisten kromosomien selvittämiseksi. Useissa sovelluksissa hyödynnetään RFLP-markkerien perusteella laadittuja geneettisiä kytkentäkarttoja. Kytkentäkarttojen avulla voidaan aikaisempaa nopeammin ja tehokkaammin valikoida haluttuja geenejä perustuen niiden tiukkaan kytkeytymiseen helposti havaittaviin RFLP-markkereihin. RFLP-menetelmiä voidaan lisäksi käyttää kasvilajikkeiden identifiointiin, taloudellisesti merkittävien ominaisuuksien geneettiseen analysointiin ja jalostusohjelmien kehittämiseen. Tulevaisuudessa RFLP-menetelmiä voidaan käyttää myös sellaisten geenien löytämiseen ja kloonaukseen, joiden tuotetta ei tunneta. Tänä päivänä RFLP-kytkentäkarttoja konstruoidaan monista tärkeistä viljelykasveista. Ohran kartoituksesta on pääasiallisesti vastannut kolme tutkimusryhmää, kaksi Yhdysvalloissa ja yksi Saksassa. Näiden ryhmien toimesta on vuonna 1991 myös ilmestynyt kaksi ohran RFLP-markkereihin perustuvaa kytkentäkarttaa. Kaikkiaan tunnetaan jo noin 800 markkerin paikat ohran kromosomeissa. Näistä miltei kaikki ovat RFLP-markkereita. Tutkimusryhmät ovat sopineet, että kartoitetuista RFLP-koettimista kootaan vuoden 1992 aikana standardikoettimisto, joka olisi julkisesti käytettävissä tieteelliseen ja jalostukselliseen tutkimukseen. Pohjoismaista ainoastaan Tanskassa on tehty enemmälti ohran RFLP-kartoitusta. Ruotsi on aloittanut ohran kartoituksen yhteistyössä tanskalaisten kanssa. Myös Suomessa on hiljattain aloitettu ohran kartoitukseen liittyvä tutkimus.

AB - Sopivien geneettisten markkerien puute on vaikeuttanut tärkeiden viljelykasvien geneettistä kartoitusta. Molekyylibiologia on kuitenkin viime vuosina kehittänyt menetelmiä, joilla voidaan tuottaa uusia geneettisiä markkereita. Saman lajin eri yksilöiden genominen DNA voidaan pilkkoa restriktioendonukleaaseilla, ja erottaa syntyneet fragmentit kokoonsa perustuen agaroosigeelillä elektrofo reettisesti. Näin erotetuissa genomisissa DNA-fragmenteissa voidaan havaita pituuseroja eri kasviyksilöiden välillä. Tätä muuntelua kutsutaan restriktiofragmentin pituusmuunteluksi, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). Pituusmuuntelun syynä ovat mutaatiot (yhden emäksen mutaatiot, insertiot tai deleetiot), jotka vaikuttavat restriktioendonukleaasien tunnistussekvensseihin tai niiden etäisyyksiin toisistaan. Koska nämä mutaatiot ovat periytyviä, niitä voidaan käyttää geneettisinä markkereina. RFLP-menetelmiä käytetään sekä tutkimuksen että kasvinjalostuksen apuna. RFLP-markkerit avaavat monia mahdollisuuksia erilaisten genotyyppien ja yksittäisten kromosomien selvittämiseksi. Useissa sovelluksissa hyödynnetään RFLP-markkerien perusteella laadittuja geneettisiä kytkentäkarttoja. Kytkentäkarttojen avulla voidaan aikaisempaa nopeammin ja tehokkaammin valikoida haluttuja geenejä perustuen niiden tiukkaan kytkeytymiseen helposti havaittaviin RFLP-markkereihin. RFLP-menetelmiä voidaan lisäksi käyttää kasvilajikkeiden identifiointiin, taloudellisesti merkittävien ominaisuuksien geneettiseen analysointiin ja jalostusohjelmien kehittämiseen. Tulevaisuudessa RFLP-menetelmiä voidaan käyttää myös sellaisten geenien löytämiseen ja kloonaukseen, joiden tuotetta ei tunneta. Tänä päivänä RFLP-kytkentäkarttoja konstruoidaan monista tärkeistä viljelykasveista. Ohran kartoituksesta on pääasiallisesti vastannut kolme tutkimusryhmää, kaksi Yhdysvalloissa ja yksi Saksassa. Näiden ryhmien toimesta on vuonna 1991 myös ilmestynyt kaksi ohran RFLP-markkereihin perustuvaa kytkentäkarttaa. Kaikkiaan tunnetaan jo noin 800 markkerin paikat ohran kromosomeissa. Näistä miltei kaikki ovat RFLP-markkereita. Tutkimusryhmät ovat sopineet, että kartoitetuista RFLP-koettimista kootaan vuoden 1992 aikana standardikoettimisto, joka olisi julkisesti käytettävissä tieteelliseen ja jalostukselliseen tutkimukseen. Pohjoismaista ainoastaan Tanskassa on tehty enemmälti ohran RFLP-kartoitusta. Ruotsi on aloittanut ohran kartoituksen yhteistyössä tanskalaisten kanssa. Myös Suomessa on hiljattain aloitettu ohran kartoitukseen liittyvä tutkimus.

KW - plant genetics

KW - markers

KW - barley

KW - breeding

KW - mutations

KW - mapping

M3 - Report

SN - 951-38-4343-2

T3 - VTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes

BT - Ohran RFLP-kartoitus

PB - VTT Technical Research Centre of Finland

CY - Espoo

ER -

Hannus R, Tammisola J, Kauppinen V. Ohran RFLP-kartoitus. Espoo: VTT Technical Research Centre of Finland, 1993. 28 p. (VTT Tiedotteita - Meddelanden - Research Notes; No. 1450).